Es el murciélago ratonero más pequeño de Europa, no supera los 20 cm de envergadura alar. Tiene dos especies gemelas, una en la Península, M. mystacinus, y otra, M. brandtii, al norte de Pirineos. Su identificación solo puede confirmarse mediante análisis genéticos o en el caso de los machos de M. brandtii por tener engrosado el pene en el extremo. Color del dorso marrón, castaño dorado en las puntas y negruzco en la base, ventralmente más pálidos.