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Uma das actividades fundamentais da SECEM é a realização, de dois em dois anos, de um congresso sobre a conservação e o estudo dos mamíferos.
Desde o seu início, em 1993, em Mollina (Málaga), estes encontros consolidaram-se como a plataforma mais importante para apresentar e debater a situação das diferentes espécies ou grupos de mamíferos na Península Ibérica. Estruturam-se em torno de conferências convidadas e comunicações orais e painéis apresentados pelos participantes. Há também reuniões dos grupos de trabalho, colóquios, exposições e outras actividades paralelas. O objectivo é duplo: por um lado, divulgar os resultados mais recentes da investigação desenvolvida pelos participantes. Por outro lado, promover o desenvolvimento e a gestão de actividades e projectos relacionados com a conservação dos mamíferos.