Morcego do género Myotis de tamanho médio. Cor castanha ou acinzentada no dorso, mais clara no ventre. Orelha alongada. Trago (membrana de tamanho variável situada na orelha) também alongado e terminando em ponta. Até há pouco tempo, incluída na espécie M. escalerai, daí o seu epíteto específico "crypticus". Antes de 2018, pode ser encontrada como M. cf nattereri (as avaliações do estado de conservação nesta ficha foram efectuadas com este nome). Actualmente, estas espécies estão separadas em M. crypticus e M. escalerai.