La SECEM facilita la existencia de grupos de trabajo específicos en los que trabajar con especies o temas concretos de interés.
Los grupos de trabajo poseen una organización y unas normas de funcionamiento propios, basados en el reglamento aprobado por la Asamblea General de la SECEM, lo que les permite gozar de gran autonomía a la hora de desarrollar sus actividades y proyectos. A la cabeza de cada grupo figura un responsable o un equipo de coordinación que es elegido por los componentes del grupo. Algunos de los grupos tienen una cuota adicional para sus integrantes, que le permiten financiar parte de sus actividades.
En la actualidad funcionan lo siguientes grupos de trabajo: